SMP Negeri 1 Pagu didirikan pada 1 Juli 1981 berdasarkan SK Mendikbud Nomor 0291/O/1981. Awalnya, sekolah ini menempati bangunan sementara di SD Inpres Semanding dengan fasilitas yang terbatas. Pada tahun ajaran 1982/1983, sekolah mulai menerima siswa baru dan berpindah ke gedung baru secara bertahap. Seiring bertambahnya jumlah siswa, sekolah terus berkembang dengan menerima lebih banyak peserta didik setiap tahunnya. Pergantian kepemimpinan juga terjadi secara berkala, dengan berbagai upaya peningkatan fasilitas dan mutu pendidikan.

Pada masa kepemimpinan Drs. H.M. Ali, SMP Negeri Pagu berkembang menjadi SMP Negeri 1 Pagu dengan adanya Unit Gedung Baru di Sukoharjo. Perubahan nomenklatur sekolah beberapa kali terjadi, hingga akhirnya kembali menggunakan nama SMP Negeri 1 Pagu. Sejak tahun 2004, sekolah ini mengalami peningkatan akreditasi, menjadi Sekolah Standar Nasional (SSN), dan mendapatkan berbagai bantuan pembangunan, termasuk laboratorium, perpustakaan, serta pengadaan sarana multimedia dan teknologi. Berbagai program pengembangan infrastruktur terus dilakukan, termasuk penambahan ruang kelas, lapangan olahraga, serta fasilitas lainnya.

Pada era kepemimpinan yang lebih baru, sekolah semakin menonjol dalam program lingkungan, seperti Green School dan Sekolah Adiwiyata. Pada tahun 2018, sekolah meraih predikat Sekolah Adiwiyata Mandiri dan mendapatkan berbagai bantuan fasilitas. Sejak 2021, di bawah kepemimpinan Drs. Niam Isbat Futhona, M.M., SMP Negeri 1 Pagu semakin berkembang dalam bidang IT dan multimedia, terutama dalam mendukung pembelajaran daring di masa pandemi. Dengan berbagai inovasi yang terus dilakukan, sekolah ini semakin maju dan siap menghadapi tantangan pendidikan di era digital.